整个故事按时间线大体分为两个阶段。
第一阶段，白鹿饰演的女主黎苏苏为了阻止魔神临世，世间生灵涂炭，穿越到五百年前的人间寻找澹台烬，想要在他尚未成魔的时候将他消灭，没想到黎苏苏穿越到了夏国叶将军嫡女叶夕雾的身上，而这人正是澹台烬的妻子。
在黎苏苏想方设法消除澹台烬身上的邪骨过程中，她对澹台烬一次次的保护，让澹台烬头一次感受到了温暖，两人一起历经了重重磨难，天生无情无爱的他因为黎苏苏生出了情丝。然而黎苏苏最终的目的却是，在澹台烬真正爱上她、心房打开的那一刻，以九枚灭魂钉钉入他的心脏，抽出邪骨，阻止魔神苏醒。

那九枚灭魂钉，让澹台烬误以为黎苏苏对他完全没有情义，和别人一样厌恶他、想杀他，两人之间发生种种误会和伤害，最终让黎苏苏对澹台烬彻底绝望。
在城楼之上，叛军之中，当澹台烬说出选择让叶夕雾活的时候，苏苏没有被放弃的怒意，反而感到了解脱，她放下了对澹台烬的亏欠和爱意，将自己的灵根和魂魄变成纯白的神髓换掉了他漆黑的邪骨，然后从城楼一跃而下。黎苏苏以自己的性命为代价扭转了澹台烬和世间的命运，让他获得了一直以来梦寐以求的力量，还给他留了一只会流泪的眼睛。

第二阶段，澹台烬痛失所爱后，到处去寻找黎苏苏的魂魄，他要让她复活。可是上穷碧落下黄泉，哪里都没有她的踪迹，最后他来到厉鬼丛生的鬼哭河。
澹台烬在鬼哭河中寻寻觅觅了五百年，一次次被恶鬼啃食得只剩一身骨头，又一次次长回肉身，直至濒临死亡之际被逍遥宗的掌门救起，成为了一名仙门弟子——沧九旻。她曾说愿他成神，庇护天下，于是他从鬼哭河中爬出来，在逍遥宗学习如何走正道，他收敛起卑微，学习旁人一般敬爱师尊，尊敬同门。他从此改过自新，努力向善，更与魂牵梦萦的黎苏苏再次相逢。

就在二人破镜重圆之际，澹台烬的魔胎之躯还是惹来了世人的非议和觊觎，在众人的误会和逼迫下，澹台烬再次入魔，三界又陷入了即将被毁灭的危险。
面对残酷的命运，澹台烬以身设局，入魔域，堕魔道，收集神珠，引万物之灵，开启同悲道，释放这些年被同悲道吞噬的灵魂和自上古以来留存的数万年灵气，万物开始生长，溪水流动，百鸟回归，整个世间流光溢彩、美丽祥和；他的骨血化作魔脉，魔气生生不息，妖魔从此有了生存之地，妖魔界刚出生的小孩终于不用一生躲躲藏藏。